r 比例 alpha 不连续

如何解决r 比例 alpha 不连续

获取以下数据

df <- data.frame(ID = c(1,1,2,3,3),cond = c(2,1),Time = c(1,2),State  = c(0,0),eyes = c(2,-3,-2,-2),combination = c("1","1","2","3","3"))
df$cond <- factor(df$cond,levels = c("1","2"))

ggplot(df,aes(x = Time,y = eyes)) +
  ggforce::geom_link2(aes(group=ID,color = cond,alpha = State),size = 5,n = 500,lineend = "round") +
  scale_color_manual(values=c("#CC6666","#9999CC")) +
  scale_alpha_continuous(range = c(0.01,0.9)) +
  scale_shape_manual(values=c(13,15)) +
  
    theme(legend.title=element_blank(),axis.title.x=element_text(size = 12),axis.title.y=element_text(size = 12),plot.title = element_text(hjust = 0.5,size = 15),axis.text.x= element_text(color = "black"),axis.text.y= element_text(color = "black"),axis.line = element_line(colour = "black"),plot.background = element_rect(fill = "white"),panel.background = element_rect(fill = "white"))

这会产生以下图片：

我试图通过 alpha 的连续变化使第 2 行和第 3 行在 x 轴上出现/消失。尽管线条是在两个值 (0,1) 之间绘制的，但 alpha 似乎并没有在线条上均匀变化（从值 0 的 0.01 alpha 和值 1 的 0.9 alpha 开始）。相反，线条几乎立即增长到完整的 0.9 alpha - 为什么会这样，我该如何解决？

解决方法

出现这种效果是因为由 geom_link2() 链接的 500 个点为绘图添加了额外的 alpha。

为了说明，我们可以只用 20 个点重复绘图，然后变得清晰可见：

ggplot(df,aes(x = Time,y = eyes)) +
  ggforce::geom_link2(aes(group = ID,color = cond,alpha = State),size = 5,n = 20,lineend = "round") +
  scale_color_manual(values = c("#CC6666","#9999CC")) +
  scale_alpha_continuous(range = c(0.01,0.9)) +
  scale_shape_manual(values = c(13,15))

输出：

据我所知，这是 ggforce::geom_link() 系列函数的限制。但是，您可以对这些点进行插值并尝试计算一个调整后的 alpha 值（例如 alpha ^ 2），该值对于您的数据来说是可以接受的。

这是一种改编自@aosmith 对您的相关问题的评论中的链接答案的方法：https://stackoverflow.com/a/17794763/2461552。

我将这些段分成 100 块，并使用公式来定义两个淡入渐变，每个渐变从 State=0 端开始的 25% 处为零。（第一行的情况，两端都是State 0，我随意使用正弦模式。

seg = 100
df %>%
  group_by(ID) %>%
  summarize(minTime = first(Time),maxTime = last(Time),mineyes = first(eyes),maxeyes = last(eyes),firstFull = first(State),endFull = last(State)) %>%
  uncount(seg,.id = "frame") %>%
  mutate(frame = (frame - 1)/seg) %>%
  mutate(Time = maxTime * frame + minTime * (1-frame),eyes  = maxeyes * frame  + mineyes * (1-frame),alpha_OP = case_when(
           firstFull & !endFull ~ 1 - 1.33*frame,!firstFull & endFull ~ 1.33*frame - 0.33,TRUE ~ sin(frame*50)*0.5  # this is just for fun
         ) %>% pmax(0)) %>%
  
  ggplot(aes(Time,eyes,alpha = alpha_OP,group = ID)) +
  ggforce::geom_link2() +
  scale_alpha(range = c(0,1))

编辑：淡入淡出的变化更平滑一些。调整 ^2 幂以移动 alpha 的中点。

....
alpha_OP = case_when(
               firstFull & !endFull ~ 1 - frame^2
               !firstFull & endFull ~ frame^2,TRUE ~ sin(frame*50)*0.5  # this is just for fun
             ) %>% pmax(0)) %>%
...

如果您不只是使用插值定义线条的端点，而是定义整条线条，则可以设置线条段的颜色和 alpha。在您的示例中，您只需要使用序列从起始值到结束：

df <- data.frame(ID = c(rep(1,11),rep(2,rep(3,11)),cond = c(rep(2,rep(1,Time = c(seq(1,2,.1),seq(1,.1)),State = c(rep(0,seq(0,1,-.1)),eyes = c(seq(2,-3,-.5),seq(-2,.3),-2,-.2)))
df$combination = as.character(df$ID)
df$cond = as.factor(df$cond)

然而，尽管 ggforce::geom_link2 变量取 0 和 1 之间的值，但您用来绘制线条的 State 似乎无法使 alpha 产生良好的渐变。>

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