我将逐步介绍我执行的所有例程,以获取.dll文件(PASS),dyn.在R(PASS)中加载它并在R(FAIL)中唤起.Call函数.
当唤起.Call我得到:
> out<- .Call("rowAND",as.integer(t(m)),nrow(m),ncol(m)) **Error in .Call("rowAND",ncol(m)) : C symbol name "rowAND" not in load table**
1)源代码下方:
#include <stdio.h> #include <math.h> #include <cuda_runtime.h> #include <cuda.h> #include <device_launch_parameters.h> #include <R.h> #include <Rdefines.h> #include "cuPrintf.cuh" #include "cuPrintf.cu" #include "cuRow.h" #include "cuError.h" extern "C" { SEXP rowAND(SEXP x,SEXP r_nrow,SEXP r_ncol) { // input: // x=as.integer(t(m)),vector of integer values from R (t(m) because store values by col) // r_nrow=nrow(m),scalar // r_ncol=ncol(m),scalar //x = coerceVector(x,INTSXP); // force coercion to a matrix of real values // define deimension int nrow = asInteger(r_nrow); int ncol = asInteger(r_ncol); size_t m_size; size_t calc_size; m_size = nrow * ncol * sizeof(int); // m (input) calc_size = nrow * sizeof(int); // change to nrow/ncol depending on calculation (output) // R SEXP r; PROTECT(r = allocMatrix(INTSXP,nrow,1)); // cuda error variable cudaError_t err; // allocate HOST int *h_m = INTEGER(x); int *h_calc = INTEGER(r); // allocate DEVICE int *d_m = NULL,*d_calc = NULL; err = cudaMalloc((void **)&d_m,m_size); checkError(err); err = cudaMalloc((void **)&d_calc,calc_size); checkError(err); // copy host matrix to device err = cudaMemcpy(d_m,h_m,m_size,cudaMemcpyHostToDevice); checkError(err); // Initialize cuPrintf -- DEBUGGING cudaPrintfInit(); dim3 numBlocks(nrow,1,1); // blocks dim3 threadsPerBlock(1,1); // 1 thread per block rowOR<<<numBlocks,threadsPerBlock,0>>>(d_m,d_calc,ncol); // main call // Terminate cuPrintf -- DEBUGGING cudaPrintfDisplay (stdout,true); cudaPrintfEnd (); err = cudaGetLastError(); checkError(err); // Copy the device result vector in device memory to the host result vector err = cudaMemcpy(h_calc,calc_size,cudaMemcpyDeviceToHost); checkError(err); // Free device global memory err = cudaFree(d_m); checkError(err); err = cudaFree(d_calc); checkError(err); // Reset the device err = cudaDeviceReset(); UNPROTECT(1); return r; }
2)我使用生成对象(.obj)的nvcc编译.cu文件.因此,我链接库(PASS),这里没问题,它生成.dll文件.
3)当我使用R命令加载.dll时:dyn.load IT PASS.
加载的.dll出现在getLoadedDLLs()中:
> getLoadedDLLs() Filename Dynamic.Lookup base base FALSE methods C:/Revolution/R-Community-6.2/R-2.15.3/library/methods/libs/i386/methods.dll FALSE Revobase C:/Revolution/R-Community-6.2/R-2.15.3/library/Revobase/libs/i386/Revobase.dll TRUE tools C:/Revolution/R-Community-6.2/R-2.15.3/library/tools/libs/i386/tools.dll FALSE grDevices C:/Revolution/R-Community-6.2/R-2.15.3/library/grDevices/libs/i386/grDevices.dll FALSE stats C:/Revolution/R-Community-6.2/R-2.15.3/library/stats/libs/i386/stats.dll FALSE cuRow C:/Users/msn/Documents/Visual Studio 2010/Projects/R_C/R_C/Debug/cuRow.dll TRUE
4)这里出现问题:当我检查函数rowAND是否已加载时,我得到FALSE:
> is.loaded("rowAND") [1] FALSE >
因此,显然,当我运行.Call(因为它没有加载)时它会失败:
> path.dll<-'C:/Users/msn/Documents/Visual Studio 2010/Projects/R_C/R_C/Debug' > dyn.load(file.path(path.dll,paste0("cuRow",.Platform$dynlib.ext))) > nrow<-10 > ncol<-3 > m<-matrix(sample(c(0,1),nrow*ncol,replace=TRUE),ncol) > out<- .Call("rowAND",ncol(m)) Error in .Call("rowAND",ncol(m)) : C symbol name "rowAND" not in load table
我看到该函数似乎在源代码中正确定义,但在加载的库中无法“看到”.
我在这里缺少什么?提前致谢!
编辑:
基于@Dirk部分答案,将尝试编写将由C调用的CUDA dll项目.因此,我可以使用标准R CMD SHLIB编译目标C源.
喜欢:C(dll),部署到R里面调用CUDA dll.
完成后会更新!
编辑2:
我在下面回答了我自己的问题.我终于可以在R(WINDOWS平台)中实现CUDA了
解决方法
一天结束,我的问题是使用WINDOWS平台在R中实现CUDA GPU并行性.
我看到实现CUDA的大多数CRAN包(并非所有)都没有WINDOWS平台的二进制文件.换句话说,如果你尝试在WINDOWS中从源代码构建它就会失败.我猜他们还没有为WINDOWS构建,因为使用MinGW和nvcc编译器在WINDOWS中编译和链接.cu文件是一种技巧.
NVidia将VS2010作为WINDOWS开发的主要平台,eclipse插件仅支持Linux.虽然,nvcc编译器支持-ccbin选项,可以让它调用gcc,但配置“工具链”真是绝招.
我的解决方法是在VS2010中开发DLL项目,并使用VS2010本机编译器/链接器编译和链接DLL.
这个dll是内部调用CUDA GPU并行性的部分.
在VS2010中编译之后,我使用dyn.load()加载了dll,并在R中使用.C调用了它的函数.
它终于奏效了,最后我可以在WINDOWS平台上将CUDA GPU并行功能部署到R.
我可以使用NAMESPACE在包中部署相同的.dll,并在CRAN tar ball中提供dll源代码,旨在不侵犯开源策略.无论如何,这是一种解决方法.
两个重要因素:
1)使用extern“C”部署本机C中的所有导出函数.
2)将函数的所有输入变量都视为指针,因为在使用’.C’调用时它是必需的.
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