努力使用read_tsv代替read.csv

如何解决努力使用read_tsv代替read.csv

回答:非常感谢Bob,ffs问题没有指定comment ='#'。当“跳过”应该跳过违规行时,为什么这样做仍然是一个谜。另请参阅Gray的注释:针对非R解决方案的Excel的“文本到列”功能。

伙计们,

多年来,这一直是我的恶魔。

我使用的数据始终是制表符分隔的.txt文件的集合,因此我的分析总是从收集每个文件的文件路径并将它们输入到read.csv()并绑定到df上开始。

dat <- list.files(
    path = 'data',pattern = '*.txt',full.names = TRUE,recursive = TRUE
    ) %>%
    map_df( ~read.csv( .,sep='\t',skip=16) )  # actual data begins at line 16

这正是我想要的,但是最近几年我一直在过渡到tidyverse。

我不介意使用utils :: read.csv(),在我的数据集通常很小的情况下,不会感觉到readr的速度优势。但是,为了保持一致性,我宁愿使用readr。

当我做同样的事情时,但是sub readr :: read_tsv(),即

dat <- 
    .... same call to list.files()
    %>%
    map_df( ~read_tsv( .,skip=16 ))

我总是得到一个空(0x0)表。但这似乎是在“读取”数据,因为我为数据中的每一列都从“使用列规范分析:cols()”得到了警告打印。

很显然,我在这里误会了,但是我不知道我不了解什么,这使我寻找具有挑战性和徒劳的答案。

那么...我在这里做错什么了吗?

谢谢!

编辑:我的数据文件(其中一个)的示例代码段已被请求,希望此格式格式正确!

# KLIBS INFO
#  > KLibs Commit: 11a7f8331ba14052bba91009694f06ae9e1cdd3d
#
# EXPERIMENT SETTINGS
#  > Trials Per Block: 72
#  > Blocks Per Experiment: 8
#
# SYSTEM INFO
#  > Operating System: macOS 10.13.4
#  > Python Version: 2.7.15
#
# DISPLAY INFO
#  > Screen Size: 21.5" diagonal
#  > Resolution: 1920x1080 @ 60Hz
#  > View Distance: 57 cm

PID search_type stimulus_type   present_absent  response    rt  error
3   time    COLOUR  present absent  5457.863881 TRUE
3   time    COLOUR  absent  absent  5357.009108 FALSE
3   time    COLOUR  present present 2870.76412  FALSE
3   time    COLOUR  absent  absent  5391.404728 FALSE
3   time    COLOUR  present present 2686.6131   FALSE
3   time    COLOUR  absent  absent  5306.652878 FALSE

编辑:使用Jukob的建议

files <- list.files(
    path = 'data',recursive = TRUE
    )

for (i in 1:length(files)) {
    print(read_tsv(files[i],skip=16))
}

打印:

Parsed with column specification:
cols()
# A tibble: 0 x 0

... for each file

如果我打印文件,则可以得到正确的文件路径列表。如果删除skip = 16,我得到:

Parsed with column specification:
cols(
  `# KLIBS INFO` = col_character()
)
Warning: 617 parsing failures.
row col  expected     actual                                     file
 15  -- 1 columns 21 columns 'data/raw/2019/colour/p1.2019-02-28.txt'
 16  -- 1 columns 21 columns 'data/raw/2019/colour/p1.2019-02-28.txt'
 17  -- 1 columns 21 columns 'data/raw/2019/colour/p1.2019-02-28.txt'
 18  -- 1 columns 21 columns 'data/raw/2019/colour/p1.2019-02-28.txt'
 19  -- 1 columns 21 columns 'data/raw/2019/colour/p1.2019-02-28.txt'
... ... ......... .......... ........................................
See problems(...) for more details.

... for each file

解决方法

您可以尝试遵循以下代码吗? i的值可能会让您知道哪个文件有问题。

files <- list.files(path = "path",full.names = T,pattern = ".csv")
for (i in 1:length(files)){
  print(read_tsv(files[i],skip = 16))
}
,

FWIW通过以下代码,我可以使用您的代码段解决问题:

# Didn't work for me since when I copy and paste your snippet,# the tabs become spaces,but I think in your original file
# the tabs are preserved so this should work for you
read_tsv("dat.tsv",comment = "#") 

# This works for my case
read_table2("dat.tsv",comment = "#")

甚至不需要指定skip参数!

但是,也不知道为什么使用skip而不是comment会失败...:(

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