如何解决使用 Anaconda 安装 Scran 包时出错
所以我尝试安装 Scran，使用 conda install -c bioconda bioconductor-scran 然后得到如下错误：
收集包元数据（current_repodata.json）：done `Solving 环境：初始冻结求解失败。灵活重试 解决。解决环境：来自 repodata 失败 current_repodata.json，将重试下一个 repodata 源。 收集包元数据（repodata.json）：完成
求解环境：初始冻结求解失败。重试 灵活解决。解决环境： \ 发现冲突！寻找 不兼容的包。这可能需要几分钟时间。按 CTRL-C 中止。 失败
UnsatisfiableError: 发现以下规格是 彼此不兼容：
输出格式：请求的包 -> 可用版本
包 zlib 冲突：bioconductor-scran -> r-base[version='>=3.6,zlib[version='>=1.2.11,
包 ncurses 冲突：python=3.8 -> ncurses[version='>=6.1,=6.2,readline[version='>=7.0,ncurses[version='6.0.*|>=6.0,
包 libgcc-ng 冲突：python=3.8 -> openssl[version='>=1.1.1k,libgcc-ng[version='>=7.2.0|>=9.3.0'] python=3.8 -> libgcc-ng[version='>=7.3.0|>=7.5.0']
包 libstdcxx-ng 冲突：python=3.8 -> libffi[version='>=3.2.1,libstdcxx-ng[version='>=7.2.0'] python=3.8 -> libstdcxx-ng[version='>=7.3.0']如下 发现规格与您的系统不兼容：
- 功能：/linux-64::__glibc==2.31=0
- bioconductor-scran -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
- python=3.8 -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
您安装的版本是：2.31`
我尝试了很多方法，但都没有奏效。我仍然不知道如何修复。有人可以帮我一个忙吗？
解决方法
避免在同一环境中混合使用 Python 和 R。此外，Bioconda 假定以下渠道优先级：
conda-forge > bioconda > defaults
尝试为您的 Bioconductor 工作创建一个专用环境，并确保固定 r-base：
bioc_r41.yaml
name: bioc_r41
channels:
- conda-forge
- bioconda
- defaults
dependencies:
- r-base=4.1
- bioconductor-scran
创建环境：
conda env create -n bioc_r41 -f bioc_r41.yaml
或者，您可以使用 ad hoc 命令来实现这一点，但它相当冗长：
conda create -n bioc_r41 -c conda-forge -c bioconda -c defaults r-base=4.1 bioconductor-scran
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